I compiti militari principali consistono nello svolgimento di accertamenti dell'idoneità e della compatibilità dei membri del servizio di volo militare e altri specialisti militari, nell'assistenza sanitaria al personale di volo nonché nella ricerca e nella formazione negli ambiti della medicina e della psicologia aeronautiche. L’IMA svolge questi compiti sia in Svizzera sia all’estero e per ogni situazione. Inoltre l’IMA quale Aeromedical Center civile effettua per conto dell’Ufficio federale dell’aviazione civile (UFAC) accertamenti dell'idoneità per piloti di professione civili (Class 1) secondo gli standard in vigore a livello internazionale (EASA, FAA). L’Istituto possiede quindi una buona rete di contatti tanto a livello nazionale quanto all’estero e cura una stretta collaborazione con i partner militari e civili. Tra i suoi clienti rientrano i piloti militari,  gli esploratori paracadutisti, i loadmaster, i candidati all’istruzione di stato maggiore generale e membri di unità speciali come pure i piloti civili, i piloti di linea e i controllori del traffico aereo.

Oltre alla moderna aula per i test SPHAIR , l’IMA dispone di un’infrastruttura all’avanguardia e di un equipaggiamento conforme alla medicina e alla psicologia aeronautiche dell’ultima generazione per quanto riguarda le apparecchiature mediche, i laboratori, la radiologia, i test prestazionali, l’allenamento e l’istruzione. Quale particolarità, l’IMA possiede l’unica camera di decompressione della Svizzera che viene impiegata per l’istruzione dei futuri piloti in ipossia ipobarica e per la ricerca. Inoltre, vengono collaudati apparecchi e materiali in vista di un loro impiego nel campo dell’aviazione.

L’IMA svolge attività di ricerca applicata negli ambiti performance umana nel campo dell’aviazione, sviluppo di test e ipossia. L’Istituto partecipa regolarmente a eventi specialistici nazionali e internazionali e mette a disposizione del pubblico le proprie conoscenze nel quadro di pubblicazioni.

La formazione professionale civile riveste un ruolo importante per l’IMA. Infatti, nel quadro della formazione di base e della formazione specifica, vengono formati i futuri impiegati di commercio e assistenti di studio medico come pure i praticanti in psicologia. Per quanto riguarda la formazione medica, l’IMA è accreditata secondo le direttive dell’EASA quale centro di formazione per la medicina del lavoro, la medicina interna generale e per il corso di base di esaminatore aeromedico (aeromedical examiner).

L’IMA è parte del Flight Safety Board, del rapporto del Comando e dei comandanti delle Forze aeree, dell’organizzazione di crisi e di assistenza dell’esercito e partecipa agli impieghi umanitari dell’esercito a favore del DFAE.