Der Militärflugplatz Dübendorf ist Hauptstandort des Lufttransport-geschwaders 3. Er ist dem Flugplatzkommando 2 in Alpnach unterstellt.
 

Der tägliche Flugbetrieb wird von Helikoptern (Super Puma, Cougar, EC635) bestimmt. Daneben sind diverse Lufttransportflugzeuge u.a. des Luft-transportdienstes des Bundes (LTDB) sowie Spezialflugzeuge für Ver-messungsflüge der swisstopo in Dübendorf stationiert.

Ab Dübendorf finden regelmässig Such- und Rettungsflüge der Schweizer Luftwaffe mit dem SAR-Helikopter (Search and Rescue) statt.

Zudem wird der Militärflugplatz von Fallschirmaufklärern mit Pilatus PC-6 für Ausbildung und Trainings genutzt. Dem PC-7 TEAM dient er als Trainingsstandort.

Die schweizweit einzigartige Betriebskompetenzstelle (BKS) Ausrüstungs-werkstatt ist ebenfalls auf dem Militärflugplatz Dübendorf angesiedelt. Sie ist für die Ausrüstung, deren Wartung und Weiterentwicklung zu Gunsten verschiedenster Berufsgruppen (Militärpiloten, Fallschirmaufklärer, etc.) verantwortlich.

Auf dem Flugplatzgelände sind die Militärpolizei (MP), die Logistikbasis der Armee (LBA), die Führungsunterstützungsbasis (FUB), der Lehrverband Führungsunterstützung (LVb FU) und der Fachdienst Luftaufklärung (FD LA) stationiert. Als externe Partner fungieren skyguide, das Bundesamt für Landestopografie swisstopo, die RUAG, die Kantonspolizei Zürich, die REGA und das Air Force Center.

Die Operationszentrale der Schweizer Luftwaffe befindet sich im angrenzenden "skyguide-Gebäude". Sie ist das Nervenzentrum der laufenden Echt-, Ausbildungs- und Trainingseinsätze und der Nutzungssteuerung der Flugzeuge und Helikopter.