Dans l'ER hôp 41, les soldats hôpital sont formés aux soins, à l'exploitation, à l'hygiène et à la logistique sanitaire. L'école instruit en outre des soldats sanitaires RMM, qui sont destinés à être engagés dans les régions médico-militaires (RMM) au profit des soins médicaux de base (services d'infirmerie). Les membres du Service Croix-Rouge SCR effectuent également leur école de recrues au sein des écoles hôpital lors du deuxième départ de l'année. Finalement, les Ecoles hôpital 41 assurent en parallèle la formation des fonctions suivantes : les ordonnances de bureau, les comptables de troupe, les cuisiniers de troupe, les logisticiens de cuisine ainsi que les soldats d'exploitation Instruction et support (I+S).

Durant l'école de recrues, certaines fonctions ont la possibilité de recevoir un certificat reconnu au niveau civil. Ainsi, les soldats hôpital du domaine des soins ont la possibilité d'obtenir le certificat d'auxiliaire de santé de la Croix-Rouge suisse (CRS). L'accomplissement d'un stage hospitalier dans une institution civile pendant les semaines 11 à 13 de l'ER sanctionne cette formation. Les soldats hôpital du domaine de l'exploitation, quant à eux, obtiennent, après une formation réussie, l'attestation de la formation de base pour les sapeurs-pompiers.

Dans l'ESO hôp 41, les futurs sous-officiers sont formés comme chefs de groupe. L'accent de la formation est mis sur les domaines de la conduite et de la méthodologie. Les modules de leadership comme la connaissance de soi, les techniques de présentation et la gestion des conflits sont notamment dispensés ; les candidats sous-officiers apprennent également à dispenser des leçons d'instruction. Dans le domaine technique du service sanitaire, ils obtiennent le certificat de sauvetage non professionnel niveau 2 de l'IAS (Interassociation de sauvetage).

Les futurs médecins, pharmaciens et dentistes (chirurgie maxillo-faciale) militaires sont formés dans l'ESO et l'EO des médecins militaires. Cette formation hautement spécialisée permet d'obtenir de nombreux certificats reconnus dans le civil (p. ex. PHTLS, ATLS, ACLS, etc.) et est coordonnée avec les études universitaires. Vous trouverez de plus amples informations dans les Liens. 

Dans l'ER SCR, l'ESO SCR et l'EO SCR, les membres du Service Croix-Rouge acquièrent les bases du métier militaire afin de pouvoir être engagés comme soutien à différents niveaux du service sanitaire de l'armée. Le Service Croix-Rouge (SCR) est une unité organisationnelle au sein de la Croix-Rouge suisse (CRS). La plupart des formations sont dispensées sous le commandement militaire des Écoles hôpital 41 (voir Liens).

Différents cours de formation continue dans le service sanitaire sont organisés au profit d'organisations internes à l'armée (p. ex. ACAMIL, ESCA) et d'organisations externes (p. ex. protection civile, administration fédérale). Ces cours portent notamment sur les domaines BLS-AED CRS (Basic Life Support) et TCCC (Tactical Combat Casualty Care).