Dans le domaine militaire, ses tâches principales sont l’exécution des contrôles d’aptitude et de capacité des membres du service de vol et d’autres groupes de spécialistes militaires, les soins de santé du personnel navigant ainsi que la recherche et la formation dans les domaines de la médecine et de la psychologie aéronautiques. Un mandat que l’IMA exécute dans toutes les situations, en Suisse et à l’étranger. En tant que centre aéromédical civil, l’IMA effectue également, sur mandat de l'Office fédéral de l’aviation civile, des examens d’aptitude et de capacité de pilotes professionnels civils (classe 1) conformément aux normes internationales en vigueur (EASA, FAA). En conséquence, l’IMA dispose d’un bon réseau national et international et entretient une collaboration étroite avec ses partenaires militaires et civils. Il propose ses services à une clientèle variée comprenant notamment des pilotes militaires, des éclaireurs parachutistes, des loadmasters, des candidats à une formation d’état-major général et des membres d’unités spéciales, ainsi que des pilotes civils, des pilotes de ligne et des contrôleurs aériens.

Outre la salle de test dernier cri de SPHAIR, l’IMA dispose d’une infrastructure moderne et d’un équipement de pointe adapté à tous les domaines de la médecine et de la psychologie aéronautiques (instruments médicaux, laboratoire, radiographie, test de performances, entraînement et instruction). Son caisson hypobare, unique en Suisse, est utilisé pour démontrer les effets de l’hypoxie hypobare en vol ainsi que pour la recherche. Une autre activité de l’IMA consiste à tester des appareils et des matériaux en vue de leur utilisation dans l’aviation.

L’IMA pratique la recherche appliquée aux domaines des capacités humaines dans l’aviation, du développement de tests et de l’hypoxie. Il participe régulièrement à des manifestations spécialisées nationales et internationales et met ses résultats à disposition du public dans le cadre de publications.

L’IMA accorde une grande importance à la formation professionnelle civile. Dans le cadre de la formation de base et  technique, il forme de futurs employés de commerce et assistants médicaux ainsi que des stagiaires en psychologie. Dans le domaine médical, l’IMA est accrédité comme institut de formation pour la médecine du travail, la médecine interne générale et le cours de base pour examinateurs aéromédicaux conformément aux directives de l’EASA.

L’IMA fait partie du Flight Safety Board, du rapport de commandement des Forces aériennes et de l’organisation d’assistance et de crise de l’armée. Il participe aussi aux engagements humanitaires de l’armée en faveur du DFAE.